Développement d’outils pour la recherche reproductible

Type
Durée
4 à 6 mois
Date de début
Date de validité
Date limite de candidature
Contact
CHIQUET julien, julien.chiquet@inrae.fr
Description

Contexte

Computo est un journal scientifique (ISSN 2824-7795) qui a pour objectif de promouvoir des contributions en statistiques et apprentissage publié par la Société Française de Statistique, qui s'inscrit dans une démarche de science ouverte et de reproductibilité des résultats scientifiques, en utilisant des avancées technologiques en programmation lettrée (literate programming) et en reporting scientifique. Computo a été créé dans un contexte de crise de la reproductibilité en science [1-5], ce qui appelle à une amélioration des méthodes de recherche [6,7] et des standards de publications scientifiques. Il est en accès libre en lecture ainsi qu'en publication (*open access* diamant [8]) et les rapports de relecture sont ouverts, i.e. visible et consultable librement après acceptation de la contribution.

Sujet de stage

Afin d'améliorer le processus de publication, et notamment la phase de reproductibilité des résultats et du contenu de chaque article soumis, nous proposons un stage d'ingénieur de 4 à 6 mois. L'objectif est de mettre en place un système d’intégration continue pour la (re)production automatisée des articles destinés à la publication en ligne sur le journal. Le système devra être basé sur des outils libres, ouverts et hébergées dans des institutions françaises (comme une forge gitlab). En effet, le système actuel d’intégration continue utilise la forge Github pour ces processus, laquelle est d'une part non "open source" et d'autre part hébergée aux États-Unis. De plus, la plupart des outils impliqués repose sur des communautés actives et dynamiques de développeurs, ce qui amènera assez probablement des interactions avec ces communautés.

Par ailleurs, les outils et processus que nous implémenterons seront mis à disposition de manière libre et ouverte, de sorte qu'ils pourront bénéficier à d'autres initiatives similaires dans la communauté scientifique autour des problématiques de science ouverte et de recherche reproductible.t les intégrer à nos pratiques de publication.

Compétences requises

- Bonnes compétences en programmation (Python/bash, éventullement R/Julia),
- Expérience de travail dans un environnement de recherche reproductible (Git, versioning, intégration continue)
- Connaissances souhaitées en DevOps (Docker)
- Expérience avec (ou intérêt pour) l’intégration continue (Github actions, Gitlab CI/CD)
- Expérience avec (ou intérêt pour) les outils numériques de publication numériques (quarto, latex)
 

Plus de détails dans le fichier joint.

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