Contexte scientifique
Les communautés microbiennes associées aux racines des plantes (le microbiome racinaire) jouent un rôle crucial dans la santé des végétaux, leur nutrition, leur croissance ou encore leur résistance aux stress (sécheresse, pathogènes). L'ingénierie de communautés microbiennes synthétiques (SynComs), c'est-à-dire la conception d'associations bactériennes ou fongiques simplifiées mais fonctionnelles, est une piste prometteuse pour une agriculture plus durable.\
Cependant, la conception de ces SynComs est un défi majeur : il ne suffit pas de mélanger des souches bénéfiques, il faut comprendre les règles d'assemblage qui gouvernent leurs interactions (compétition, coopération, facilitation) dans un environnement racinaire complexe.
Le projet CAMBIO (**CA**ractérisation **M**oléculaire et phénotypique d’une collection de **B**actéries rhizosphériques du maïs en vue de création de bio-solutions adaptées à une culture à bas niveau d’**I**ntrants az**O**tés ) vise à produire un jeu de données correspondant à la caractérisation moléculaire et phénotypique d’une collection de bactéries isolées de la rhizosphère de maïs mycorhizé cultivé sans intrant.
L'objectif du stage est de développer une stratégie d'analyse dans le but d'identifier les souches à assembler en communautés synthétiques afin de tester leur capacité à stimuler la croissance du maïs en contexte agroécologique et de mieux comprendre les relations plantes-microbiotes.
Les principales missions associées à ce stage seront :
1. une synthèse bibliographie/état de l’art des méthodes de statistiques, machine learning pour la constitution de communautés microbiennes synthétiques adaptées aux données disponibles
2. le développement/implémentation d’une stratégie retenue à l'issue de l'analyse bibliographique
3. et finalement une application de la stratégie proposée sur les données du projet