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Unbalanced Optimal Transport and its applications on omics data.


Séminaire
Nom intervenant
Huy Tran
Résumé
Au cours des dernières années, la remarquable puissance de la théorie du transport optimal (TO) a largement dépassé la comparaison classique des mesures de probabilités évoluant dans le même espace sous-jacent. Dans cet exposé, nous nous intéressons aux problèmes de TO entre les espaces incomparables, en présence d'anomalies. Nous commençons par une introduction informelle et intuitive du TO, ainsi que certaines extensions importantes et récentes. Ensuite, nous nous concentrons sur les formulations non-équilibrées de Gromov-Wasserstein et du Co-optimal transport, et montrons leurs robustesse aux valeurs aberrantes, contrairement à leurs homologues équilibrées. Enfin, nous illustrons deux applications du TO aux données omiques. D'abord, nous exploitons le plan du TO pour aligner des cellules et des gènes générés par l'expérience CITE-seq. Dans la deuxième application, nous utilisons l'apprentissage de dictionnaire des graphes par TO afin de modéliser des données transcriptomiques snRNA-seq dans le contexte des maladies neuro-dégénératives.
Lieu
Amphi A0.04
Date du jour
Date de fin du Workshop