LACOSTE Louis

Les réseaux sont un objet d’intérêt en écologie pour représenter les interactions entre espèces (pollinisation, prédation, co-occurrence,...). Comparer les réseaux est une façon de comparer les fonctionnement des écosystèmes qu'ils représentent. Jusqu'à ce jour, leur comparaison s’est faite principalement au travers de métriques qui ont le défaut d’être axées sur des caractéristiques particulières des réseaux et qui ne permettent pas d’identifier les nœuds jouant les mêmes rôles dans les différents réseaux.
L’utilisation de modèles probabilistes à variables latentes a fait ses preuves pour la comparaison de réseaux simples. L’extension à des réseaux bipartites s’intéressant à des interactions entre groupes d’entités distinctes (plantes – pollinisateurs par exemple) demandent des développements techniques additionnels qui pourront être valorisés par des applications ambitieuses en écologie.
L’utilisation de techniques modernes d’apprentissage profond impliquant des projections dans des espaces de représentations de dimension réduite telles que les auto-encodeurs variationnels constitue une piste novatrice pour la comparaison de réseaux. Elles permettront de plus de passer à l’échelle sur des réseaux de plus grande taille tels que ceux que l’on rencontre en écologie microbienne. La prise en compte de l’incertitude dans la construction des réseaux sur leur comparaison sera également explorée dans un dernier axe de la thèse. Cet axe sera exploré dans un cadre d’écologie microbienne.