MANOCCA, une nouvelle approche statistique pour évaluer des effets sur la covariance/corrélation
Christophe Boetto, Institut Pasteur
La présentation détaillera la méthode statistique MANOCCA (Multivariate ANalysis of Conditional CovAriance) développé pendant ma thèse. Ce test évalue l'effet d'un prédicteur d'intérêt noté X (Age, Sexe, BMI, tabagisme, variant génétique, ...) sur la covariance d'une variable dépendante multivariée noté Y (niveaux de métabolites, expression de gènes, espèce microbiennes, ...) tout en ajustant pour des covariables C. Le test évalue donc le modèle Cov(Y) ~ X + C pour n'importe quel type de prédicteur binaire, catégoriel ou continue. Le travail a donné lieu à deux cas d'applications, le premier en microbiologie pour caractériser les changements d'intéractions de bactéries en fonction de facteurs environnementaux. Et le second dans la génétique du métabolisme pour évaluer des variants génétiques impactant la co-régulation de métabolites.
Create your own recipes steps for omics data: the {scimo} package
Antoine Bichat, Servier, Julie Aubert, MIA Paris-Saclay, INRAE
The rise of advanced high-throughput sequencing technologies has led to a massive increase in the production of omics data, encompassing genomics, transcriptomics, proteomics, metagenomics, and more. To effectively explore and analyze omics data, specialized preprocessing techniques are essential, including feature normalization, selection, and aggregation. However, many of these specific methods were not initially available in the original 'recipes' package. As a response, we have developed an extension package, 'scimo', designed to seamlessly integrate these techniques into the 'tidymodels' ecosystem. 'scimo' offers a comprehensive suite of preprocessing steps tailored for omics data analysis, while remaining adaptable to other data types. During this presentation, we will showcase the capabilities of 'scimo' and provide insights into creating your own 'recipes' extension package. Additionally, we will discuss strategies to navigate the potential pitfalls that we have encountered during the development process. https://github.com/abichat/scimo